Từ mạng xã hội đến chơi game đến chụp ảnh cổ điển, iPhone và ứng dụng luôn song hành cùng nhau. Mặc dù những người hâm mộ iPhone liên tục tìm kiếm những chương trình nhỏ gọn mới nhất và hay nhất, nhưng iPhone vẫn có hơn 20 ứng dụng cài sẵn, hay còn gọi là "bản địa". Đối với iPhone 5, Apple đã cập nhật nhiều ứng dụng gốc của iPhone để phù hợp với kích thước màn hình lớn hơn của điện thoại và hệ điều hành iOS 6.
Giao tiếp
Ngoài các ứng dụng Tin nhắn dựa trên văn bản và Điện thoại cốt lõi của thiết bị, iPhone có FaceTime, một chương trình gọi điện video tích hợp cho các cuộc trò chuyện trực tiếp và Thư, một ứng dụng hoạt động với nhiều nhà cung cấp email để cho phép truy cập email từ điện thoại thông minh của bạn. Để lướt web, trình duyệt Safari của Apple đi kèm với iPhone 5, được tối ưu hóa cho màn hình retina 4 inch của điện thoại. Cả Mail và Safari đều hoạt động với hệ thống iCloud, đồng bộ hóa email và trình duyệt của bạn với các thiết bị Apple khác. Ứng dụng Danh bạ theo dõi tên, địa chỉ email, số điện thoại và thông tin mạng xã hội của những người trong mạng xã hội của bạn.
Đa phương tiện
Ứng dụng Máy ảnh của iPhone 5 hoạt động cùng với máy ảnh iSight 8 megapixel của điện thoại để chụp, chỉnh sửa và chia sẻ ảnh cũng như video HD. Các ứng dụng Nhạc, Video và Ảnh cho phép bạn lưu trữ, sắp xếp, xem và chia sẻ đa phương tiện trên iPhone của mình. Phiên bản iTunes dành cho iOS 6 của Apple hoạt động giống như những người anh em lớn hơn của nó, cho phép bạn tải xuống nhạc, phim HD và chương trình truyền hình. Ứng dụng này đồng bộ với các phiên bản gia đình thông qua iCloud. Trung tâm trò chơi gốc theo dõi điểm số và thành tích của bạn trên nhiều trò chơi trên iPhone.
Tiện ích
Maps, một trong những ứng dụng nổi bật nhất của iPhone, cung cấp tính năng điều hướng từng chặng, hỗ trợ GPS với sự kết hợp của chế độ xem đường phố 3-D và 2-D, bao gồm cập nhật giao thông theo thời gian thực. Các ứng dụng đơn giản hơn như Lịch và Lời nhắc cho phép bạn tạo bảng kế hoạch kỹ thuật số và đặt các cảnh báo dựa trên thời gian tương ứng, trong khi Ghi chú hoạt động như một bàn di chuột ảo đa năng. IPhone 5 cũng bao gồm một máy tính, một máy ghi âm và các ứng dụng cung cấp thông tin thời tiết và thị trường chứng khoán.
Khác
Siri, “trợ lý thông minh” của Apple, hoạt động trên nhiều ứng dụng để cung cấp thông tin và thực hiện các tác vụ bao gồm gửi tin nhắn văn bản, tra cứu điểm số thể thao và lịch chiếu phim thông qua lệnh thoại của người dùng. Đối với những người xử lý bộ sưu tập phiếu giảm giá, vé, thẻ quà tặng và thẻ khó sử dụng, Sổ tiết kiệm giữ tất cả các mục này được sắp xếp theo định dạng kỹ thuật số tổng hợp - mỗi thẻ hoặc thẻ có thể được quét từ thiết bị. Ứng dụng Find My iPhone đơn giản nhưng hữu ích sử dụng dữ liệu GPS để xác định vị trí từ xa chiếc iPhone thất lạc của bạn từ máy tính hỗ trợ iCloud. Nếu bạn thấy thiếu ứng dụng gốc của điện thoại, App Store gốc cho phép bạn duyệt và mua hơn 700.000 ứng dụng của bên thứ ba.