Ngoài kính hiển vi và đĩa Petri, máy tính là một công cụ quan trọng đối với các nhà vi sinh vật học. Phần mềm nghiên cứu vi sinh bao gồm các công cụ được sử dụng bởi các ngành khoa học và kỹ thuật khác cũng như các ứng dụng chuyên biệt để nghiên cứu vi khuẩn và các vi sinh vật khác. Nhiều ứng dụng được phát triển bởi các cơ quan chính phủ, tổ chức phi lợi nhuận hoặc các nhà nghiên cứu học thuật có sẵn dưới dạng phần mềm miễn phí để tải xuống và sử dụng khi thí nghiệm hoặc phòng thí nghiệm của bạn yêu cầu.
Công cụ trực quan hóa
Một bức tranh vật chất hoặc tinh thần về dữ liệu thô mà bạn thu thập có thể giúp bạn nắm bắt tốt hơn chất lượng, ý nghĩa và ý nghĩa của nó. Mã nguồn mở và phần mềm trực quan hóa dữ liệu thương mại được cung cấp rộng rãi cho nghiên cứu vi sinh vật học. Tạo biểu đồ và đồ thị dữ liệu của bạn bằng LibreOffice Calc, Microsoft's Excel hoặc hệ thống trực quan hóa dữ liệu Mondrian. Các ứng dụng Cell-O và RasMol giúp bạn tạo các mô hình hoạt hình 2D và 3D của các phân tử có ý nghĩa sinh học như protein và axit amin.
Mô hình toán học
Các bộ sưu tập lớn dữ liệu vi sinh thường mang lại nhiều thông tin có ý nghĩa hơn sau khi chúng đã được phân tích số. Các gói phần mềm MATLAB, Octave và SciPy thực hiện sàng lọc toán học, phân tích và mô hình hóa dữ liệu của các nhà khoa học. Sử dụng các gói này để ước lượng tham số thông qua việc điều chỉnh đường cong, dự đoán dịch tễ học, mô phỏng sự phát triển của vi khuẩn và loại bỏ nhiễu dữ liệu hoặc hiệu ứng ngẫu nhiên. Ứng dụng này cũng thực hiện các tính toán thống kê, như phân tích phương sai hoặc kiểm tra Chi-square.
Tin sinh học bộ gen
Các ứng dụng phần mềm vi sinh cũng giúp bạn hình dung và khai thác thông tin từ trình tự các axit nucleic tạo nên DNA của vi sinh vật. Open Bioinformatics Foundation cung cấp các ứng dụng phân tích và giải trình tự DNA mã nguồn mở miễn phí như BioJava và Biopython để trích xuất dữ liệu từ ngân hàng thông tin bộ gen, phân tích mã DNA của một sinh vật và so sánh nó với các mẫu DNA khác. Các gói phân tích bộ gen bổ sung bao gồm Emboss, HMMER, Clustal Omega, Gói suy luận phát sinh loài hoặc PHYLIP và Bộ thao tác trình tự hoặc SMS.
Phần mềm Tham khảo
Tốc độ nhanh chóng của khám phá khoa học về vi sinh vật học và sự thay đổi các quy định của chính phủ khiến cho các nhà vi sinh vật học phải sẵn sàng tiếp cận thông tin ảnh hưởng đến công việc của họ. HUGO là một gói phần mềm thương mại cung cấp cho các nhà vi sinh vật học thông tin hiện tại về công cụ, hóa chất, thiết bị, môi trường nuôi cấy, yêu cầu an toàn, sinh vật mới, thay đổi phân loại và kháng sinh. Ngoài ra, các nhà vi sinh vật học làm việc trong lĩnh vực khoa học thực phẩm có thể sử dụng ứng dụng Web ComBase Browser để truy cập dữ liệu vi sinh vật liên quan đến thực phẩm do các cơ quan chính phủ ở Vương quốc Anh, Úc và Hoa Kỳ cung cấp.
