Cho dù được lắp vào máy tính xách tay hay máy tính để bàn, tất cả các ổ cứng đều sử dụng công nghệ tương tự: quay đĩa từ tính để ghi và lưu trữ dữ liệu. Trong các thế hệ máy tính trước đây, có nhiều loại giao diện kết nối có thể khác nhau giữa máy tính để bàn và máy tính xách tay, nhưng tiêu chuẩn Serial ATA (SATA) hiện đang thống trị cả hai thị trường. Sự khác biệt chính còn lại giữa hai loại ổ đĩa là kích thước vật lý, không gian lưu trữ và tốc độ.
Kích thước vật lý
Trước đây, máy tính để bàn sử dụng ổ cứng 5,25 inch, nhưng máy tính để bàn ngày nay chủ yếu dựa vào ổ 3,5 inch. Kích thước này cho phép tạo ra một số đĩa cứng bên trong, tăng không gian lưu trữ của ổ đĩa. Tuy nhiên, những ổ đĩa này quá nặng và dày để sử dụng trong máy tính di động. Thay vào đó, hầu hết các máy tính xách tay đều sử dụng ổ 2,5 inch. Các đĩa cứng này nhẹ hơn, mỏng hơn và sử dụng ít năng lượng hơn - một ưu điểm khi chạy bằng pin. Mặc dù thường được cài đặt trong các thiết bị như iPod, ổ đĩa 1,8 inch cũng được sử dụng trong một số máy tính xách tay và netbook siêu mỏng.
Không gian lưu trữ
Độ mỏng vật lý của ổ máy tính xách tay 2,5 inch ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng lưu trữ của chúng. Với ít không gian bên trong hơn, ổ đĩa 2,5 inch chứa ít đĩa cứng hơn, nhỏ hơn. Trong khi một số ổ đĩa 3,5 inch cao cấp có dung lượng lưu trữ 4TB - và tiếp tục phát triển - thì ổ đĩa máy tính xách tay không thể phù hợp với tuyên bố này. Thay vào đó, ngay cả những ổ đĩa máy tính xách tay đắt tiền nhất cũng thường có kích thước từ 750GB đến 1TB. Mặc dù ổ đĩa máy tính xách tay cũng ngày càng lớn hơn năm này qua năm khác, nhưng kích thước vật lý của chúng khiến chúng không bao giờ bắt kịp dung lượng do ổ đĩa máy tính để bàn cung cấp.
Tốc độ
Để đọc và ghi dữ liệu, các đĩa cứng trong ổ đĩa cứng quay nhanh. Trong khi một số ổ đĩa dành cho người đam mê chạy với tốc độ 10.000 vòng / phút, thì phần lớn ổ cứng máy tính để bàn chạy ở tốc độ 7.200 vòng / phút. Để giảm nhiệt, mức sử dụng điện và độ ồn, nhiều ổ đĩa máy tính xách tay chạy chậm hơn, chỉ ở mức 5.400 vòng / phút. Tốc độ quay giảm này ảnh hưởng trực tiếp đến tốc độ của máy tính, vì ổ đĩa phải quay lâu hơn để tiếp cận từng phần dữ liệu. Tuy nhiên, một số mẫu máy tính xách tay có ổ 7.200 RPM, phủ nhận sự khác biệt về tốc độ.
Ổ cứng thể rắn
Trong vài năm gần đây, nhiều máy tính xách tay và máy tính để bàn đã bắt đầu sử dụng ổ cứng thể rắn thay vì ổ cứng. Các ổ SSD này sử dụng chip dữ liệu thay vì đĩa cứng, loại bỏ tiếng ồn, nhiệt và rung do ổ cứng gây ra. Mặc dù đắt hơn ổ cứng, nhưng SSD cũng chạy nhanh hơn đáng kể so với đĩa 10.000 vòng / phút. Do sự chênh lệch về giá, một số máy tính để bàn có cả ổ SSD nhỏ cho dữ liệu thường xuyên sử dụng và ổ cứng lớn để có dung lượng lưu trữ lớn hơn. Bởi vì hầu hết các máy tính xách tay không thể lắp được hai ổ đĩa, một số kiểu máy cung cấp ổ đĩa lai, có dung lượng lưu trữ lớn bên cạnh một ổ SSD nhỏ được sử dụng để lưu vào bộ nhớ đệm.
Khả năng tương thích
Mặc dù ổ đĩa 3,5 inch không thể vừa với hầu hết các máy tính xách tay bên trong, nhưng bạn vẫn có thể kết nối chúng bằng cách sử dụng vỏ ngoài mà bạn cắm vào máy tính của mình qua USB hoặc cáp SATA (eSATA) bên ngoài. Tương tự, bạn có thể sử dụng ổ đĩa 2,5 inch trên máy tính để bàn có vỏ bọc hoặc sử dụng giá đỡ để lắp chúng bên trong. Một số máy tính để bàn cũng có khay ổ 2,5 inch, vì hầu hết các ổ SSD đều có kích thước này.